Πολλοί ασθενείς με φλεγμονώδη εντεροπάθεια διστάζουν να αποκτήσουν παιδιά. Ειδικά οι γυναίκες δεν είναι σίγουρες αν η νόσος τους είναι συμβατή με εγκυμοσύνη και τοκετό. Όμως, με τον σωστό προγραμματισμό, τα νοσήματα αυτά πλέον στις μέρες μας δεν αποτελούν σημαντικό εμπόδιο στον οικογενειακό προγραμματισμό. Ειδικά στις περιόδους ύφεσης της νόσου, η πιθανότητα να μείνετε έγκυος είναι εξίσου μεγάλη όπως και στους υγιείς ανθρώπους. Ακόμα οι γυναίκες ασθενείς που έχουν υποβληθεί στο παρελθόν σε ειλεοπρωκτική αναστόμωση με δημιουργία ληκύθου για την υποκείμενη ελκώδη κολίτιδα μπορούν να κυοφορήσουν με ασφάλεια.
Τα φάρμακα πρέπει να συνεχίζονται κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, με εξαίρεση τη μεθοτρεξάτη, την οζανιμόδη και τους αναστολείς της JAK. Ο κολπικός τοκετός είναι επίσης δυνατός σε γυναίκες ασθενείς με ειλεοπρωκτική αναστόμωση. Τέλος τόσο ο γαστρεντερολόγος, όσο και ο γυναικολόγος θα πρέπει έγκαιρα να ενημερώνονται για την επιθυμία απόκτησης παιδιού και τις προσπάθειες του ζεύγους.